MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC plasmid pCTDLC1

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017433	AC	4	8	82	89	50 %	0 %	0 %	50 %	385244959
2	NC_017433	GA	3	6	101	106	50 %	0 %	50 %	0 %	385244959
3	NC_017433	TTG	2	6	249	254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244959
4	NC_017433	T	7	7	375	381	0 %	100 %	0 %	0 %	385244959
5	NC_017433	A	6	6	409	414	100 %	0 %	0 %	0 %	385244959
6	NC_017433	CAAT	2	8	468	475	50 %	25 %	0 %	25 %	385244959
7	NC_017433	A	8	8	520	527	100 %	0 %	0 %	0 %	385244959
8	NC_017433	A	6	6	580	585	100 %	0 %	0 %	0 %	385244959
9	NC_017433	AT	3	6	626	631	50 %	50 %	0 %	0 %	385244959
10	NC_017433	T	6	6	845	850	0 %	100 %	0 %	0 %	385244959
11	NC_017433	TGT	2	6	1207	1212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244960
12	NC_017433	AGA	2	6	1213	1218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244960
13	NC_017433	AGG	2	6	1229	1234	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244960
14	NC_017433	ATG	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244960
15	NC_017433	TTC	2	6	1297	1302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
16	NC_017433	TATC	2	8	1316	1323	25 %	50 %	0 %	25 %	385244960
17	NC_017433	GAAG	2	8	1351	1358	50 %	0 %	50 %	0 %	385244960
18	NC_017433	AT	3	6	1459	1464	50 %	50 %	0 %	0 %	385244960
19	NC_017433	TTGG	2	8	1506	1513	0 %	50 %	50 %	0 %	385244960
20	NC_017433	AGA	2	6	1557	1562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244960
21	NC_017433	AACT	2	8	1575	1582	50 %	25 %	0 %	25 %	385244960
22	NC_017433	GTT	2	6	1600	1605	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244960
23	NC_017433	GAG	2	6	1606	1611	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244960
24	NC_017433	T	6	6	1649	1654	0 %	100 %	0 %	0 %	385244960
25	NC_017433	AAG	2	6	1662	1667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244960
26	NC_017433	TCT	2	6	1726	1731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
27	NC_017433	TTC	2	6	1740	1745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
28	NC_017433	AAT	2	6	1774	1779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244960
29	NC_017433	GGAA	2	8	1833	1840	50 %	0 %	50 %	0 %	385244960
30	NC_017433	TCT	2	6	1844	1849	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
31	NC_017433	T	8	8	1876	1883	0 %	100 %	0 %	0 %	385244960
32	NC_017433	A	6	6	1884	1889	100 %	0 %	0 %	0 %	385244960
33	NC_017433	CTT	2	6	1898	1903	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244960
34	NC_017433	T	7	7	1902	1908	0 %	100 %	0 %	0 %	385244960
35	NC_017433	TCT	2	6	1995	2000	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244961
36	NC_017433	TCT	2	6	2037	2042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244961
37	NC_017433	AAG	2	6	2045	2050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244961
38	NC_017433	GA	3	6	2060	2065	50 %	0 %	50 %	0 %	385244961
39	NC_017433	CGA	2	6	2073	2078	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244961
40	NC_017433	A	6	6	2089	2094	100 %	0 %	0 %	0 %	385244961
41	NC_017433	TA	3	6	2126	2131	50 %	50 %	0 %	0 %	385244961
42	NC_017433	ATC	2	6	2153	2158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244961
43	NC_017433	TTC	3	9	2189	2197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244961
44	NC_017433	CCGA	2	8	2205	2212	25 %	0 %	25 %	50 %	385244961
45	NC_017433	TAGAA	2	10	2243	2252	60 %	20 %	20 %	0 %	385244961
46	NC_017433	AATT	2	8	2276	2283	50 %	50 %	0 %	0 %	385244961
47	NC_017433	CAA	2	6	2293	2298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244961
48	NC_017433	CTT	2	6	2302	2307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244961
49	NC_017433	CTAGG	2	10	2320	2329	20 %	20 %	40 %	20 %	385244961
50	NC_017433	TAT	2	6	2339	2344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244961
51	NC_017433	GTT	2	6	2393	2398	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244961
52	NC_017433	ATG	2	6	2446	2451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244961
53	NC_017433	T	7	7	2474	2480	0 %	100 %	0 %	0 %	385244961
54	NC_017433	TGAT	2	8	2491	2498	25 %	50 %	25 %	0 %	385244961
55	NC_017433	AGA	2	6	2570	2575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244961
56	NC_017433	T	6	6	2612	2617	0 %	100 %	0 %	0 %	385244961
57	NC_017433	GTT	2	6	2661	2666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244961
58	NC_017433	TCC	2	6	2675	2680	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244961
59	NC_017433	A	6	6	2692	2697	100 %	0 %	0 %	0 %	385244961
60	NC_017433	T	6	6	2793	2798	0 %	100 %	0 %	0 %	385244962
61	NC_017433	AAT	2	6	2847	2852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244962
62	NC_017433	TTG	2	6	2870	2875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244962
63	NC_017433	T	6	6	2987	2992	0 %	100 %	0 %	0 %	385244962
64	NC_017433	TAA	2	6	3010	3015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244962
65	NC_017433	CTTTT	2	10	3028	3037	0 %	80 %	0 %	20 %	385244962
66	NC_017433	GTTT	2	8	3122	3129	0 %	75 %	25 %	0 %	385244963
67	NC_017433	A	6	6	3144	3149	100 %	0 %	0 %	0 %	385244963
68	NC_017433	GTT	2	6	3252	3257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244963
69	NC_017433	TGA	2	6	3314	3319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244963
70	NC_017433	AAC	2	6	3374	3379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244963
71	NC_017433	GCC	2	6	3380	3385	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385244963
72	NC_017433	AAT	2	6	3401	3406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244963
73	NC_017433	CTG	2	6	3409	3414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244963
74	NC_017433	TCC	2	6	3473	3478	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244963
75	NC_017433	TAA	2	6	3479	3484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244963
76	NC_017433	TTA	2	6	3528	3533	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244963
77	NC_017433	GTT	2	6	3545	3550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244963
78	NC_017433	CAA	2	6	3560	3565	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244963
79	NC_017433	TGT	2	6	3581	3586	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244963
80	NC_017433	CAA	2	6	3619	3624	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244963
81	NC_017433	TGA	2	6	3725	3730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244963
82	NC_017433	ATT	2	6	3731	3736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244963
83	NC_017433	ATT	2	6	3807	3812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244963
84	NC_017433	ATTA	2	8	3971	3978	50 %	50 %	0 %	0 %	385244964
85	NC_017433	TTC	2	6	4020	4025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
86	NC_017433	TTTA	2	8	4035	4042	25 %	75 %	0 %	0 %	385244964
87	NC_017433	T	6	6	4056	4061	0 %	100 %	0 %	0 %	385244964
88	NC_017433	AG	3	6	4062	4067	50 %	0 %	50 %	0 %	385244964
89	NC_017433	AGA	2	6	4071	4076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244964
90	NC_017433	TCT	2	6	4098	4103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
91	NC_017433	T	7	7	4160	4166	0 %	100 %	0 %	0 %	385244964
92	NC_017433	AT	3	6	4204	4209	50 %	50 %	0 %	0 %	385244964
93	NC_017433	TAACGT	2	12	4220	4231	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385244964
94	NC_017433	TAA	2	6	4233	4238	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244964
95	NC_017433	GCT	2	6	4291	4296	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244964
96	NC_017433	TCTATA	2	12	4483	4494	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385244964
97	NC_017433	TTC	2	6	4497	4502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
98	NC_017433	CTA	2	6	4565	4570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244964
99	NC_017433	CTT	2	6	4661	4666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
100	NC_017433	ATCC	2	8	4759	4766	25 %	25 %	0 %	50 %	385244964
101	NC_017433	AAC	2	6	4800	4805	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244964
102	NC_017433	GCT	2	6	4855	4860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244964
103	NC_017433	GAAA	2	8	4879	4886	75 %	0 %	25 %	0 %	385244964
104	NC_017433	TCT	2	6	4956	4961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244964
105	NC_017433	TGA	2	6	4997	5002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244964
106	NC_017433	T	6	6	5030	5035	0 %	100 %	0 %	0 %	385244965
107	NC_017433	AGA	2	6	5129	5134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244965
108	NC_017433	TTCC	2	8	5138	5145	0 %	50 %	0 %	50 %	385244965
109	NC_017433	AAAC	2	8	5259	5266	75 %	0 %	0 %	25 %	385244965
110	NC_017433	AT	3	6	5311	5316	50 %	50 %	0 %	0 %	385244965
111	NC_017433	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244965
112	NC_017433	ATTAA	2	10	5430	5439	60 %	40 %	0 %	0 %	385244965
113	NC_017433	CTT	2	6	5497	5502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244965
114	NC_017433	AAT	2	6	5511	5516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244965
115	NC_017433	TCT	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244965
116	NC_017433	AG	3	6	5525	5530	50 %	0 %	50 %	0 %	385244965
117	NC_017433	CAA	2	6	5575	5580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244965
118	NC_017433	CAA	2	6	5587	5592	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244965
119	NC_017433	GCT	2	6	5703	5708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244965
120	NC_017433	ATC	2	6	5747	5752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244965
121	NC_017433	AAAG	2	8	5783	5790	75 %	0 %	25 %	0 %	385244965
122	NC_017433	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244965
123	NC_017433	T	8	8	5821	5828	0 %	100 %	0 %	0 %	385244965
124	NC_017433	AT	3	6	5863	5868	50 %	50 %	0 %	0 %	385244965
125	NC_017433	TTC	2	6	6026	6031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244965
126	NC_017433	AC	3	6	6038	6043	50 %	0 %	0 %	50 %	385244965
127	NC_017433	ATC	2	6	6050	6055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244965
128	NC_017433	CAT	2	6	6103	6108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244965
129	NC_017433	ACG	2	6	6149	6154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244965
130	NC_017433	ATG	2	6	6239	6244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244965
131	NC_017433	AAC	2	6	6321	6326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244965
132	NC_017433	GCA	2	6	6498	6503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244966
133	NC_017433	TTA	2	6	6605	6610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244966
134	NC_017433	CAA	2	6	6630	6635	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244966
135	NC_017433	T	6	6	6663	6668	0 %	100 %	0 %	0 %	385244966
136	NC_017433	TAATC	2	10	6735	6744	40 %	40 %	0 %	20 %	385244966
137	NC_017433	A	6	6	6757	6762	100 %	0 %	0 %	0 %	385244966
138	NC_017433	CTT	2	6	6779	6784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244966
139	NC_017433	AGC	2	6	6810	6815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244966
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.